| 02 Sept 13 | T. Barnetta Tranquillo Barnetta |  Schalke 04SCHA | → |  Eintracht FrankfurtSGE | Loan |
| 18 Aug 13 | Václav Kadlec | ASPAC Sparta PragueAC Sparta Prague | → | Eintracht FrankfurtSGE | Undisclosed |
| 22 Jul 13 | M. Bakalorz Marvin Bakalorz |  Borussia DortmundDOR | → | Eintracht FrankfurtSGE | Undisclosed |
| 05 Jul 13 | P. DelPiccolo Paolo DelPiccolo | Eintracht FrankfurtSGE | → |  CF MontréalMTL | Free |
| 05 Jul 13 | P. DelPiccolo Paolo DelPiccolo | Eintracht FrankfurtSGE | → | CF MontréalMTL | Free |
| 01 Jul 13 | H. Butscher Heiko Butscher | Eintracht FrankfurtSGE | → |  VfL BochumBOC | Free |
| 01 Jul 13 | J. Flum Johannes Flum |  SC FreiburgFREI | → | Eintracht FrankfurtSGE | 2000000 |
| 01 Jul 13 | O. Nikolov Oka Nikolov | Eintracht FrankfurtSGE | → |  Philadelphia UnionPHI | Free |
| 01 Jul 13 | J. Rosenthal Jan Rosenthal | SC FreiburgFREI | → | Eintracht FrankfurtSGE | Free |
| 01 Jul 13 | O. Nikolov Oka Nikolov | Eintracht FrankfurtSGE | → | Philadelphia UnionPHI | Free |
| 21 Jun 13 | F. Wiedwald Felix Wiedwald |  MSV DuisburgDUI | → | Eintracht FrankfurtSGE | Free |
| 10 Jun 13 | M. Amedick Martin Amedick | Eintracht FrankfurtSGE | → |  SC Paderborn 07PAD | Free |
| 29 Jan 13 | S. Lakic Srdjan Lakic |  VfL WolfsburgWOB | → | Eintracht FrankfurtSGE | Loan |
| 24 Jan 13 | R. Friend Rob Friend | Eintracht FrankfurtSGE | → |  TSV 1860 MunichTSV | Loan |
| 18 Jan 13 | B. Köhler Benjamin Köhler | Eintracht FrankfurtSGE | → |  KaiserslauternFCK | Undisclosed |
| 03 Jan 13 | M. Russ Marco Russ | VfL WolfsburgWOB | → | Eintracht FrankfurtSGE | Loan |
| 02 Jan 13 | V. Demidov Vadim Demidov | Eintracht FrankfurtSGE | → |  Celta VigoCEL | Loan |
| 02 Jan 13 | V. Demidov Vadim Demidov | Eintracht FrankfurtSGE | → | Celta VigoCEL | Loan |